１２日未明以降、東北・太平洋沿岸地震とは別に、新潟県中越地方を震源とする地震が相次いだ。地元自治体からは「東北に支援隊を派遣したばかりだったのに」などと驚きの声も上がった。
震度６強を記録した長野県栄村では土砂崩れや雪崩を受け、午前９時現在で７集落の１３７世帯、計３００人以上が孤立したまま。村役場でも多くの机やロッカーが床に倒れ、村総務課の石塚雄樹さんは「（平成１６年の）中越地震などに比べても、被害の大きさは今回が上」と声を震わせた。
新潟県十日町市では、１１日に地元消防隊や県立十日町病院の災害時派遣医療チーム（ＤＭＡＴ）が東北地方に支援派遣されていた。震度６弱の強い揺れを受け、市職員の女性は「地元がこんな事態になるとは、予測していなかった」と振り返る。
山岳地帯では今もスキーシーズンが続いていた。上越国際スキー場（新潟県南魚沼市）は１２日に開催予定だった年に一度のイベント「上越国際スキーカーニバル」の中止を急遽（きゅうきょ）決定。野沢温泉スキー場（長野県野沢温泉村）は１２日の営業を全面休止した。同温泉観光協会は「今後の見通しも不透明。経済的な影響は計り知れない」とため息混じりに話した。
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