弾道ミサイルはロケットエンジンを積み、一度大気圏外つまり宇宙空間まで飛ばし、そこでロケットエンジン部分を切り離し、後は慣性によって飛翔するようになっています。ですので、命中精度は高くなく、施設を狙うというより市街地などを狙うのが一般的です。
一方、巡航ミサイルには飛行機と同じくジェットエンジンと翼があります。
ジェットエンジンなので燃費もよく、数百キロ～数千キロと射程の範囲が広いのが特徴です。
弾道ミサイルが高度100キロ～1000キロという高高度を飛ぶのに対して、巡航ミサイルは高度100メートル以下と極めて低空を飛びます。
速度は、弾道ミサイルのほうが速く、遅くともマッハ6以上、速いものだと（長距離弾道ミサイル）マッハ20という驚異的なスピードで飛ぶのに対して、巡航ミサイルは800～900キロ程度です。そのかわり精度は高く、数センチの誤差で命中すると言われています。
ちなみに、アメリカ軍がシリアの軍事施設を攻撃した際に使用したミサイルは、トマホークという巡航ミサイルです。
